Dein Frust ist verständlich... denk bitte daran, wir sind alle nur User wie du und in der Regel diskutieren und helfen wir hier auf gleicher Augenhöhe und der Ton sollte die gleiche Augenhöhe widerspiegeln.
Generell würde ich darauf tippen, dass du eine PDF-Datei mit dem gleichen Namen auf dem System hast und das eine Warnung ist, dass es zu der neuen Version, die dir zugeschickt wird, auch eine Datei vorliegt, die im Namen identisch ist, jedoch älter ist. Letztendlich scheint die Dateibehandlung dann eher informativ hinzuweisen, als einfach zu überschreiben, was ja im Handling mit vielen PDFs ja auch nicht verkehrt zu sein scheint.
Ob es Einstellungen dazu gibt, dass die Dateien überschrieben werden sollen oder ohne Hinweis abgespeichert werden, kann ich dir nicht beantworten. Vielleicht kannst du uns ja noch erklären, in welchen Apps das bei dir auftritt, bzw. welche Apps davon betroffen sind.
Was das nun natürlich mit dem "knappen Displayplatz" zu tun hat, weiß ich nicht, zumal sich jeder ja auch selber aussucht, welches Format das iPhone haben soll... ein iPhone hat ja eh nur sehr limitierte Multitasking-Fähigkeiten und mehrere Fenster gleichzeitig offen, gehört meines Wissens nicht dazu.
Ich nehme an, dass die PDFs weitgehend beruflicher Natur sind... vielleicht lohnt sich dann auch ein iPad, besonders, wenn du viel mit Dokumenten, wie PDFs arbeitest.