Tut mir leid, aber ich kann's immer noch nicht nachvollziehen. Ich bin schon zigmal auf neue Macs umgezogen, völlig ohne MA (ich bin kein Freund davon) und habe alle neuen von Grund auf neu eingerichtet. Daten liegen bei mir indes nicht auf den Macs, sondern auf einem NAS. Das macht es etwas einfacher. Probleme hatte ich nie.
Der MA kann keine einzelnen Programminstallationen migrieren. Es geht hier nicht nur um das simple "Rüberziehen" einer App, sondern um jede Menge Konfigurationsdateien (plists), mglw. LaunchDaemons, programmspezifische Caches usw.
Die installierten Programme und die zugehörigen Dateien sind auch zwei verschieden Paar Stiefel.
Die Programme installierst du auf dem Mini neu - das verbindet man am besten mit nötigen oder anstehendenden Aktuaiserungen - und migriert anschliessend die zugehörigen Dateien per Dateifreigabe via Netzwerk oder mit einem externen Laufwerk (Stick, SSD....) von alt nach neu. Noch besser wäre es, serverbasiert zu arbeiten und die Dateien z.B. auf einem NAS abzulegen - dann erspart man sich den Umzug komplett.